N6-metiladenosina (mA) es la forma interna de modificación más prevalente en el ARN mensajero en eucariotas superiores y juega un papel importante en el cáncer, la inmunidad, la reproducción, el desarrollo y la deposición de grasa. La grasa intramuscular es el principal factor utilizado para medir la calidad de la carne de un animal. La deposición de grasa intramuscular y grasa perirrenal aumenta con la edad. Sin embargo, no hay datos sobre la modificación de mA en conejos Rex y sus posibles roles biológicos en la deposición de adiposos y el crecimiento muscular. Aquí, realizamos dos métodos de secuenciación de alto rendimiento, secuenciación de inmunoprecipitación de ARN modificado por mA (MeRIP-seq) y secuenciación de ARN (RNA-seq), para identificar genes clave con modificación de mA en la deposición de grasa en los músculos y tejidos adiposos de conejos Rex. Luego, se utilizó qRT-PCR para identificar los genes metilados de manera diferente relacionados con la deposición de grasa. Nuestros hallazgos mostraron que había 12,876 y 10,973 picos de mA en los transcriptomas de músculo y tejido adiposo del conejo, respectivamente. Se encontró que los codones de parada, las regiones no traducidas 3 y las regiones codificantes estaban principalmente enriquecidos en picos de mA. Además, encontramos 5 metilas diferenciales y 12 genes clave de modificación de metilación relacionados con la deposición de grasa entre muestras de tejidos musculares y adiposos. Los niveles de expresión de seis genes clave aleatorios fueron significativamente más altos en la grasa que en el músculo de los conejos Rex en diferentes etapas (< 0.01). Finalmente, se encontraron cinco metilas diferenciales que regulan la adipogénesis al afectar la expresión de los genes seleccionados de diferentes maneras. Estos hallazgos proporcionaron una base teórica para nuestra futura investigación sobre la función de la modificación de mA durante el crecimiento de depósitos de grasa.