La metilación de N-metiladenosina (mA) del ARNm está involucrada en procesos biológicos esenciales para el crecimiento de las plantas. Para explorar la modificación mA de la caña de azúcar y revelar su función reguladora, se utilizó la secuenciación de inmunoprecipitación de ARN metilado (MeRIP-seq) para construir el mapa de mA de la caña de azúcar. En este estudio, los sitios de mA del transcriptoma de la caña de azúcar se enriquecieron significativamente alrededor del codón de parada y dentro de las regiones no traducidas 3 (3UTR). El análisis de ontología genética (GO) mostró que los genes de modificación mA están asociados con la biosíntesis metabólica. Además, la modificación mA del ARNm de transcriptos resistentes a la sequía aumentó significativamente bajo tratamiento de sequía (DR), lo que resultó en una mayor estabilidad del ARNm, que está involucrada en la regulación de la resistencia a la sequía de la caña de azúcar. Los resultados de enriquecimiento de GO y de la Enciclopedia de Genes y Genomas de Kyoto (KEGG) mostraron que la modificación de picos metilados diferencialmente (DMP) de genes expresados diferencialmente (DEGs) en DR estaba particularmente asociada con la biosíntesis de ácido abscísico (ABA). Los genes regulados al alza se enriquecieron significativamente en el metabolismo de ABA, la respuesta al etileno, el metabolismo de ácidos grasos y la regulación negativa de la vía de señalización de activación del ácido abscísico. Estos hallazgos proporcionan una base y recursos para estudios epigenéticos de ARN en caña de azúcar y aumentan aún más nuestro conocimiento sobre las funciones de las modificaciones mA en el ARN bajo estrés abiótico.