La hortensia ( (Thunb). Ser.) es una especie ornamental con gran potencial de mercado. Se sabe por su capacidad de cambiar el color de su inflorescencia, según el pH del sustrato de cultivo. Los mecanismos moleculares que subyacen a estos cambios todavía no están claros. Se sabe que los mecanismos epigenéticos, como la metilación del ADN, desempeñan un papel importante en la expresión genética, por lo que podrían ser responsables de este fenómeno en la hortensia. En el presente estudio, se utilizaron los marcadores moleculares ISSR (Repetición de Secuencia Simple Inter) y MSAP (Polimorfismo de Amplificación Sensible a Metilación) para detectar cambios moleculares en el genoma de plantas de hortensia que fueron cultivadas bajo diferentes niveles de pH para modificar el color de los sépalos. Los resultados mostraron una correspondencia entre la señal de metilación medida con MSAP y los patrones de amplificación ISSR al comparar antes y después de la modificación de los sustratos de cultivo de pH. Estos resultados sugieren que la metilación del ADN podría estar involucrada como un mecanismo molecular subyacente al cambio de color de los sépalos de la hortensia en respuesta a un pH diferencial en el sustrato. Además, los resultados allanan el camino para estudiar la relación entre la metilación del ADN y los perfiles de marcadores ISSR.