La epigenética, que se refiere a la información reguladora de genes heredable que es independiente de los cambios en las secuencias de ADN, es un mecanismo importante involucrado tanto en el desarrollo de organismos como en la respuesta a eventos ambientales. En cuanto a las marcas epigenéticas, la metilación del ADN es uno de los mecanismos más conservados, desempeñando un papel fundamental en la respuesta de los organismos a varios estresores bióticos y abióticos. De hecho, el estrés puede inducir cambios en la expresión génica a través de la hipo- o hiper-metilación del ADN en loci específicos y/o en la metilación del ADN a nivel del genoma, lo que tiene una importancia adaptativa y puede dirigir la evolución del genoma. Explorar la metilación del ADN en respuestas al estrés abiótico podría tener importantes implicaciones para mejorar la tolerancia al estrés en algas. Este artículo resume el patrón de metilación del ADN en algas y su impacto en el estrés abiótico, como metales pesados, nutrientes y temperatura. Nuestra discusión proporciona información para futuras investigaciones en algas para una mejor comprensión de la respuesta epigenética bajo estrés abiótico, lo que podría favorecer importantes implicaciones para sostener el crecimiento de algas en condiciones de estrés abiótico, a menudo relacionadas con una alta biosíntesis de metabolitos interesantes.