El valor de C se considera un indicador importante para la tolerancia al estrés por sequía (DS), que es un estrés abiótico severo que influye en la productividad del arroz. Sin embargo, la exploración de genes sensibles a la sequía (DRGs) relacionados con la regulación de C se informa menos. En este estudio, investigamos la variación natural en los valores de C en 102 accesiones de arroz. Entre ellos, se utilizaron dos accesiones de arroz con valores de C contrastantes, Longdao 10 (LD10, tolerante a DS) y Binxu (BX, sensible a DS), para un análisis adicional. LD10 posee una mejor resistencia a la sequía con valores de C un 2% más bajos, una longitud y densidad estomática un 35% más bajos, una pérdida de agua un 33% más baja y una conductancia estomática un 11% más baja en comparación con BX. El análisis del transcriptoma muestra que hay 2325 y 1378 genes diferencialmente expresados (DEGs) inducidos por DS en LD10 y BX en la etapa de macollamiento, respectivamente, mientras que hay 1076 y 492 DEGs en LD10 y BX en la etapa de encañado, respectivamente. En total, se identificaron 21 DEGs superpuestos (definidos como DRGs) debido a los efectos de DS en dos accesiones de arroz en dos etapas. Entre ellos, los niveles de expresión de seis genes, incluidos el transportador de cloruro (CLT1) y la polipéptido II del fotosistema (PSBP), fueron probados utilizando qRT-PCR. Además, encontramos que cuatro genes metiltransferasa se expresaron más en BX en comparación con LD10 bajo DS. De manera consistente, los niveles de metilación de CLT1 y PSBP fueron más altos a lo largo de las regiones del promotor y CDS para los tipos CG, CHG y CHH. Este estudio destaca la importancia de la expresión de estos DRGs en respuesta a DS y proporciona una profunda comprensión de la expresión génica impulsada por la metilación del ADN que confiere diferentes respuestas a la sequía en el arroz.