La contaminación por mercurio (Hg) ha provocado una grave disminución en los rendimientos de los cultivos. El metil jasmonato (MJ), como hormona vegetal, regula las respuestas de las plantas al estrés por metales pesados. Sin embargo, aún no se han dilucidado bien las vías por las cuales el MJ modula la tolerancia al Hg en las plantas. Nuestro estudio tuvo como objetivo dilucidar los impactos positivos del MJ en la atenuación de la toxicidad inducida por Hg en plántulas de maíz (L.) utilizando un enfoque integrado que combina evaluaciones fisiológicas y análisis transcriptómico. Los hallazgos indicaron que el MJ exógeno mitigó la inhibición inducida por Hg en el rendimiento fotosintético al regular al alza los genes relacionados con la fotosíntesis y la captación de luz, y aumentar el contenido de clorofila. Bajo estrés por Hg, el MJ potencia la acumulación de prolina en las plántulas de maíz al regular al alza genes esenciales en la vía de biosíntesis de prolina y al regular a la baja genes críticos en la vía de degradación de prolina. El MJ también eleva la expresión de enzimas clave involucradas en la biosíntesis de fenilpropanoides en las plántulas de maíz, disminuye el contenido de malondialdehído (MDA) y aumenta la vitalidad de las raíces. Además, el MJ puede ejercer un efecto de desintoxicación en las plántulas de maíz bajo estrés por Hg al regular la expresión de varios genes vinculados a proteínas de transporte de nutrientes básicos, así como aquellos involucrados en el transporte, ingreso y distribución de iones metálicos. Estos hallazgos indican que el MJ es esencial para mejorar la tolerancia de las plantas al estrés por Hg, estableciendo así un marco teórico para el avance y la utilización de métodos agrícolas respetuosos con el medio ambiente que involucren hormonas vegetales.