La bio-oxidación de pirita por bacterias acidófilas quimioautótrofas se ha aplicado en la industria minera para biolixiviar metales o para eliminar azufre pirítico del carbón. En este proceso, es deseable utilizar bacterias autóctonas y ya adaptadas aisladas directamente de los sitios mineros donde se aplicará la biominación. Se identificaron bacterias presentes en la solución remanente de una empresa minera a través de técnicas de clonación. Para ello, extrajimos ARN total y realizamos la transcripción inversa utilizando un nuevo par de cebadores diseñados a partir de una pequeña región del gen 16S (V1-V3) que contiene la mayor diversidad intraespecífica. Después de la clonación, se encontró una alta proporción de individuos de las cepas ATCC-23270 (NR_074193.1 y NR_041888.1) y DQ321746.1 de la especie bien conocida, así como dos nuevas cepas silvestres. Este resultado mostró que la solución remanente ácida comprende una metapoblación. Evaluamos estas cepas para producir un floculante bioférrico para mejorar la posterior bio-oxidación de pirita, aplicando una oxidación química-bacteriana en dos etapas. Se demostró que las cepas ya estaban adaptadas a una alta concentración de Fe endógeno (hasta 20 g·L), aumentando la productividad volumétrica del floculante bioférrico. Así, no se requirió preadaptación de la comunidad. Detectamos partículas de Au y Ag originalmente ocluidas en los antiguos relaves de flotación pirítica evaluados, pero la extracción de Au y Ag por cianuración resultó en aproximadamente 30.5% de Au y 57.9% de Ag.