La mortalidad inducida por diarrea entre los yaks juveniles es altamente prevalente en las áreas pastorales de la meseta Qinghai-Tíbet. Aunque numerosas enfermedades se han relacionado con la comunidad microbiana intestinal, se sabe poco sobre cómo la diarrea afecta la microbiota intestinal en los yaks. En este trabajo, investigamos y comparamos los cambios en la microbiota intestinal de yaks juveniles con diarrea. Los resultados demostraron una caída considerable en la diversidad alfa de la microbiota intestinal en yaks diarréicos, acompañada de , , y , que aumentaron significativamente durante la diarrea. Además, un análisis de PICRust verificó la elevación de las vías metabólicas microbianas intestinales en los grupos con diarrea, incluyendo el metabolismo de glicina, serina y treonina, alanina, aspartato, fosforilación oxidativa, metabolismo de glutamato, biosíntesis de antibióticos y biosíntesis de metabolitos secundarios. En conjunto, nuestro estudio mostró que las bacterias dañinas aumentaron y las bacterias beneficiosas disminuyeron significativamente en la microbiota intestinal de los yaks con diarrea. Además, estos resultados también indicaron que la disbiosis de la microbiota intestinal puede ser un factor impulsor significativo de la diarrea en los yaks.