Los yaks son el pilar principal de la ganadería en mesetas y la base material de la supervivencia de los pastores locales. El nivel de elementos minerales en el cuerpo está estrechamente relacionado con el rendimiento productivo de los yaks. En este estudio, realizamos un análisis integral de la morfología del epitelio ruminal, la transcriptómica y la metagenómica para explorar la dinámica de las funciones del rumen, la colonización microbiana y las interacciones funcionales en yaks desde el nacimiento hasta la adultez. Bacterias, eucariotas, arqueas y virus colonizaron el rumen de los yaks desde el nacimiento hasta la adultez, siendo las bacterias la mayoría. Bacteroidetes y Firmicutes fueron los filos dominantes en cinco etapas de desarrollo, y la abundancia de géneros disminuyó significativamente con la edad. Los genes de hidrolasas de glicosilo (GH) fueron los más representados en cinco etapas de desarrollo diferentes, seguidos de glicosiltransferasas (GT) y módulos de unión a carbohidratos (CBM), donde la proporción de genes que codifican para CBM aumentó con la edad. La integración del transcriptoma del huésped y el metagenoma microbiano reveló 30 módulos génicos relacionados con la edad, el grosor de la capa muscular, la longitud y el ancho de los pezones de los yaks. Entre estos, el MEmagenta y el MEturquoise estaban positivamente correlacionados con estos rasgos fenotípicos. Veintidós genes del huésped involucrados en la regulación transcripcional relacionada con la unión de iones metálicos (incluyendo potasio, sodio, calcio, zinc, hierro) estaban positivamente correlacionados con un clúster bacteriano ruminal 1 compuesto por , , , , , etc. Por lo tanto, estos estudios nos ayudan a comprender la interacción entre el huésped del rumen y los microorganismos en yaks de diferentes edades, y además proporcionan una base teórica confiable para el desarrollo de suplementos de alimentación y elementos minerales para yaks de diferentes edades.