En la cría moderna de cerdos, la reproducción se logra predominantemente a través de la inseminación artificial, que consiste en insertar espermatozoides en el tracto reproductivo femenino. El éxito de esta técnica depende de varios factores, especialmente de la calidad del esperma utilizado. Tras la recolección, los eyaculados frescos se procesan en dosis seminales que pueden almacenarse durante días. Sin embargo, durante el almacenamiento, la calidad del esperma disminuye a diferentes tasas entre los eyaculados, lo que lleva a resultados de fertilidad inconsistentes. Para identificar aquellos con diferentes tolerancias al almacenamiento de manera temprana y así mejorar los resultados reproductivos, investigamos el metaboloma, el conjunto completo de pequeñas moléculas que reflejan la actividad celular, de los espermatozoides con habilidades diferenciales para resistir el almacenamiento. Los hallazgos revelaron que los espermatozoides poseen perfiles metabolómicos distintos, lo que podría facilitar un diagnóstico temprano al momento de la recolección de semen. Específicamente, la prevalencia de dos metabolitos, ácido glicerico y lysoPC(20:3), emerge como un indicador práctico para la caracterización oportuna del semen con habilidades diferenciales para sostener el almacenamiento. Estos conocimientos tienen el potencial de mejorar la gestión de dosis de semen, aumentando la eficiencia reproductiva y la rentabilidad.