En la naturaleza, las plantas tienen colores ricos y vivos. El color de las flores puede conferir valor económico y ornamental a las plantas ornamentales, y es uno de los rasgos objetivo para la actual crianza dirigida. Por lo tanto, es esencial comprender los mecanismos regulatorios moleculares detrás de la formación del color de las flores en plantas ornamentales. Sin embargo, en Cav., una de las plantas ornamentales más importantes, las vías metabólicas y los mecanismos reguladores moleculares subyacentes a la formación de diferentes colores de flores aún no están claros, lo que restringe en gran medida la crianza molecular de variedades de colores de flores. Se seleccionaron tres variedades de Cav. con flores blancas, rosas y rojas como materiales de investigación, e identificamos metabolitos significativamente diferentes entre ellos a través del análisis de cromatografía líquida de alto rendimiento acoplada a espectrometría de masas (UPLC-MS/MS) y análisis de componentes principales (PCA). Luego, se utilizaron análisis de enriquecimiento de Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) y análisis de secuenciación de transcriptoma en flores de diferentes colores para revelar que los metabolitos diferenciales se enriquecieron en las vías metabólicas de flavonoides y que los genes estructurales relacionados se expresaron diferencialmente. Además, identificamos miembros diferencialmente expresados de las familias de factores de transcripción MYB y bHLH, que desempeñan un papel clave en la regulación de la biosíntesis de antocianinas. Mediante la construcción de un árbol filogenético y la realización de un análisis conjunto de datos de transcriptoma y metaboloma, elucidamos aún más la red regulatoria molecular subyacente a la formación de los colores de las flores en Cav. Este estudio no solo proporciona una base teórica y recursos genéticos para la crianza orientada al color y la creación de nuevas variedades de colores, sino que también ofrece nuevas ideas sobre los mecanismos moleculares de la formación del color de las flores en las plantas.