El cambio climático se ha asociado con el aumento de las floraciones algales nocivas (FAN). Algunas microalgas nocivas producen toxinas que se acumulan en las redes alimentarias, afectando negativamente al medio ambiente, la salud pública y la economía. La acidificación oceánica (AO) es una consecuencia importante de las altas emisiones de CO antropogénico. La química del carbono y el pH de los ecosistemas acuáticos se han alterado significativamente como resultado. Los impactos del cambio climático en los metabolismos de las microalgas, especialmente en la biosíntesis de toxinas, siguen siendo en gran medida desconocidos. Esto dificulta la optimización de la mitigación de las FAN para las condiciones climáticas cambiantes. Para cerrar esta brecha de conocimiento, se revisaron estudios previos sobre los efectos de la acidificación oceánica en la biosíntesis de toxinas en microalgas. No hubo una conclusión sólida sobre el cambio de toxicidad de los dinoflagelados productores de saxitoxina del género después del tratamiento con altas concentraciones de CO. Se observó un aumento en el contenido de ácido domoico en la diatomea. El contenido de brevetoxina de permaneció en gran medida sin cambios. Los mecanismos regulatorios subyacentes que explican los diferentes niveles de toxicidad observados no han sido elucidado. El análisis del flujo metabólico es útil para investigar las asignaciones de carbono de las microalgas tóxicas bajo AO y revelar las vías metabólicas relacionadas con la biosíntesis de toxinas. Obtener conocimiento sobre las respuestas de las microalgas en condiciones de alta concentración de CO permitirá una mejor evaluación de riesgos de las FAN en el futuro.