La colza es un cultivo oleaginoso importante y las variedades de semillas amarillas y negras tienen diferentes perfiles de metabolitos, lo que determina la calidad y la comestibilidad de su aceite. En este estudio, realizamos un análisis de metabolómica no dirigido de semillas de cuatro variedades de colza en ocho etapas de desarrollo. Este análisis identificó 4540 características, de las cuales 366 fueron anotadas como metabolitos conocidos. El contenido de estos metabolitos estaba estrechamente relacionado con la etapa de desarrollo de la semilla, siendo el período crítico para la acumulación de metabolitos en las semillas entre 10 y 20 días después de la polinización. A través de un análisis comparativo, identificamos 18 características de flavonoides diferencialmente abundantes entre las variedades de colza de semillas amarillas y negras. Al combinar los datos de flavonoides con datos de transcriptoma, construimos una red de regulación génica que puede reflejar la acumulación de características de flavonoides diferencialmente abundantes. Finalmente, predijimos 38 características desconocidas como características de flavonoides a través de redes moleculares. Estos resultados proporcionan información valiosa de metabolómica para la mejora de variedades de colza de semillas amarillas.