Los camotes (Ipomoea batatas (L.) Lam.) son un miembro ampliamente cultivado de la familia Convolvulaceae. A pesar del intenso interés agrícola, los determinantes metabólicos de la calidad del camote siguen siendo poco comprendidos debido a la falta de análisis de metabolitos de camote fiables o sistemáticos. Este estudio tuvo como objetivo revelar el mecanismo de biosíntesis de flavonoides utilizando metabolómica ampliamente dirigida y análisis de qRT-PCR de camotes blancos (S19) y amarillos (BS). Encontramos que los genes , , , , , , , , , , y estaban diferencialmente expresados en BS. La sobreexpresión de , , , y llevó a la acumulación de grandes cantidades de chalcona, que se expresa en gran medida en la pulpa amarilla, lo que resulta en el color amarillo de BS. En S19, la alta expresión de y la baja expresión de inhibieron la acumulación de pigmentos, mientras que la baja expresión de también inhibió la síntesis de flavonoides, lo que condujo finalmente al color blanco. En conclusión, este estudio identificó los principales genes diferencialmente expresados y sus metabolitos en la vía de biosíntesis de flavonoides, y elucidó preliminarmente el mecanismo subyacente a los diferentes colores de pulpa en el camote, proporcionando así nuevas perspectivas sobre la composición y abundancia de metabolitos en camotes con pulpa de diferentes colores.