El panda gigante es un animal vulnerable en China, y es crucial mejorar la eficiencia de reproducción del panda gigante. La preferencia de pareja es una parte importante del apareamiento natural. Hipotetizamos que los metabolitos de AGS difieren según su preferencia de pareja. En este estudio, determinamos los niveles hormonales asociados al estro en la orina de 19 hembras de panda gigante. Después de confirmar el estro a través de los niveles hormonales y la observación del comportamiento, recolectamos biomarcadores ambientales para el análisis metabolómico. Un total de 19 muestras se dividieron en dos grupos según la preferencia de apareamiento de las hembras de panda gigante. El análisis metabolómico por LC-MS/MS mostró que se identificaron un total de 115 metabolitos expresados diferencialmente, incluidos 97 metabolitos regulados al alza y 18 regulados a la baja. Encontramos que el prostaglandina B2, la palmitoilcarnitina, la prostaglandina G2 y la estrona pueden ser los marcadores potenciales de la preferencia de pareja de las hembras. El análisis de enriquecimiento de vías mostró que la biosíntesis de hormonas esteroides, el metabolismo de la fenilalanina y la biosíntesis de alcaloides tropano, piperidina y piridina fueron las tres principales vías. Estos resultados revelaron los cambios fisiológicos en las hembras de panda gigante durante las pruebas de preferencia de pareja, proporcionando una perspectiva para entender su sistema de comunicación química basado en las secreciones de las glándulas anales y mejorar la tasa de éxito del apareamiento natural de los pandas gigantes.