La cría de plantas cultivadas tolerantes al estrés que permitiría reducir las pérdidas de cosecha y disminuciones no deseadas en los atributos de calidad requiere una nueva calidad de conocimiento sobre marcadores moleculares asociados con rasgos agronómicos relevantes, sobre respuestas metabólicas cuantitativas de las plantas a desafíos de estrés y sobre los mecanismos que controlan la biosíntesis de estas moléculas. Al combinar metabolómica con conjuntos de datos genómicos, transcriptómicos y proteómicos, es posible obtener un conocimiento más completo de la composición de plantas cultivadas utilizadas para alimentos o piensos. Con el fin de optimizar el desarrollo de rasgos de cultivos, aumentar los rendimientos y la calidad de los cultivos, así como garantizar factores nutricionales y de salud que proporcionen la posibilidad de crear alimentos o piensos funcionales, el conocimiento sobre el metaboloma de las plantas es crucial. Junto a los estudios clásicos de metabolómica, esta revisión se centra en varias técnicas de trabajo basadas en metabolómica, como la sensómica, la lipidómica, la hormonomía y la fitometabolómica, que se utilizaron para caracterizar alteraciones en el metaboloma durante el estrés abiótico y biótico con el fin de encontrar cultivos alimentarios resistentes con una calidad preferida o al menos producir cultivos alimentarios funcionales.