La metabolómica es una herramienta poderosa en diversas áreas de investigación, que permite entender la respuesta de los organismos, como las plantas, a factores externos, sus mecanismos de resistencia y tolerancia frente a estresores, los cambios bioquímicos y señales durante el desarrollo de las plantas, y el papel de los metabolitos especializados. A pesar de sus ventajas, la metabolómica sigue siendo poco utilizada en áreas como las interacciones nano-planta. Las nanopartículas (NPs) están a nuestro alrededor y tienen un gran potencial para mejorar y revolucionar el sector agroalimentario y modernizar la agricultura. Pueden impulsar la precisión y la sostenibilidad en la agricultura, ya que pueden actuar como fertilizantes, mejorar el rendimiento de las plantas, proteger o defender, mitigar estreses ambientales y/o remediar contaminantes del suelo. Dada su alta aplicabilidad, es crucial comprender en profundidad el impacto de las NPs en las plantas y su acción mecanicista. Al ser conscientes de que, en el trabajo de interacciones nano-planta, la metabolómica se aborda mucho menos que la fisiología, y que carece de una revisión integral centrada en la metabolómica, esta revisión reúne la información disponible sobre las herramientas metabolómicas utilizadas en estudios centrados en interacciones NP-planta, destacando el impacto de las NPs basadas en metales en el metaboloma de las plantas, la reconfiguración de metabolitos y la reprogramación de las vías metabólicas.