En este estudio, investigamos el mecanismo de conversión de componentes activos, así como el cambio de color del ginseng silvestre (FG) durante el proceso de secado con el método de secado asistido por deshidratador de flujo de aire de presión negativa en circulación (PCAD) que desarrollamos, utilizando un método analítico de metabolómica ampliamente dirigido basado en cromatografía líquida de ultra rendimiento-espectrometría de masas en tándem (UPLC-MS/MS). Durante el proceso de secado, se identificaron un total de 1862 metabolitos en FG, junto con 748 metabolitos diferencialmente abundantes (DAMs). Un análisis adicional de los tipos y rutas metabólicas de los DAMs reveló que tanto los metabolitos primarios como secundarios cambiaron con un contenido de humedad (MC) del 50-70%; los metabolitos secundarios dominaron con un MC del 30-50%, y los metabolitos primarios dominaron con un MC del 10-30%, lo que reveló las diferencias en la transformación de los ingredientes activos en el proceso de secado. Además, los resultados mostraron las características de pardeamiento durante el proceso de secado. MC-50 y MC-10 mostraron los cambios de color más pequeños y más grandes, así como las actividades enzimáticas, en comparación con los otros MCs, respectivamente. A medida que avanzaba el secado, las reacciones de pardeamiento estaban principalmente relacionadas con el metabolismo de lípidos y nucleótidos y la biosíntesis de fenilpropano y flavonoides. En conclusión, el presente estudio proporciona apoyo teórico para los mecanismos de transformación de ingredientes activos, así como el cambio de color de FG durante el secado por PCAD.