La amplitud y profundidad de los metabolomas de las hojas de las plantas se han implicado en interacciones clave con enemigos de las plantas en la superficie. En particular, se sugiere a menudo que la divergencia en la composición química de las especies de plantas, entre vecinos, parientes o ambos, es un medio de escape de los enemigos herbívoros insectos. Las plantas también experimentan una fuerte presión de enemigos como los patógenos subterráneos; sin embargo, se ha realizado poco trabajo para examinar las trayectorias evolutivas de las químicas especializadas de las especies tanto en raíces como en hojas. Aquí, examinamos la fitociencia detectable por GCMS (para simplificar, en adelante referida como metabolitos volátiles especializados) del género de árboles tropicales, probando la hipótesis de que la divergencia fenotípica será más débil en el subsuelo en comparación con la superficie debido a una dispersión más limitada por parte de los enemigos. Encontramos que, después de controlar las diferencias en riqueza química, las raíces expresaron compuestos estructuralmente menos diversos que las hojas, a pesar de tener un mayor número de metabolitos volátiles especializados, y que la distancia filogenética de las especies solo se correlacionó positivamente con la distancia estructural de los compuestos en las raíces, no en las hojas. En conjunto, nuestros resultados sugieren que los metabolitos volátiles especializados de las raíces exhiben significativamente menos divergencia fenotípica que los metabolitos especializados de las hojas y pueden estar bajo una presión de selección relajada por parte de los enemigos en el subsuelo.