Las variaciones en el color de las flores han sido reconocidas cada vez más como un papel importante en la adaptación a la radiación UV-B; sin embargo, el mecanismo subyacente es poco comprendido en árboles frutales perennes. Litchi es un árbol frutal importante, y los cultivares extremadamente tempranos (EEM) y de maduración media a tardía (MLM) que provienen de regiones con alta y baja radiación UV-B tienen capullos de flores marrones oscuros y amarillos claros, respectivamente, mientras que sus cultivares híbridos de maduración temprana (EM) tienen un capullo de flor marrón intermedio. Este estudio analizó de manera integral el metaboloma y transcriptoma de los capullos de flores de los cultivares de litchi EEM, EM y MLM para explorar el mecanismo subyacente a la variación del color de la flor durante la adaptación a la radiación UV-B por primera vez. El análisis metabolómico identificó 72 flavonoides en los capullos de flores de litchi, entre los cuales una mayor acumulación de flavonol glucósidos fue responsable de los capullos de flores más oscuros de los cultivares EEM. Y el análisis del transcriptoma reveló genes estructurales clave, incluyendo , y siete , junto con dos factores de transcripción ( y ), que podrían ser directamente regulados al alza por la radiación UV-B, desempeñando roles críticos en la regulación de la acumulación diferencial de flavonol glucósidos. Estos resultados proporcionan nuevas perspectivas sobre el mecanismo molecular subyacente a la adaptación a la radiación UV-B y brindan una base genética para futuros cultivos de cultivares de litchi tolerantes al estrés.