El presente estudio demostró las diferencias en el metaboloma de semillas y el micobioma de dos accesiones de Coss con diferente resistencia al óxido marrón y al mildiu. Hipotetizamos que las semillas de la accesión resistente k-1958 ssp. pueden contener un mayor número de metabolitos con actividad antifúngica en comparación con las semillas de la ssp susceptible k-340, lo que determinará diferencias en la comunidad fúngica de las semillas. Nuestro estudio enfatiza las diferencias en el metaboloma de semillas de las accesiones estudiadas. La accesión resistente k-1958 tenía un mayor contenido de glucosa y ácidos orgánicos, incluyendo ácido pirúvico, ácido salicílico y ácido azelaico, así como ácidos pipecólicos, galactinol, glicerol y estero. Se encontró que las semillas de la accesión resistente k-1958 contenían más sustancias activas con actividad antifúngica. Los géneros y fueron dominantes en el micobioma de semillas de la accesión resistente. Los géneros y dominaron en el micobioma de semillas de la accesión susceptible k-340. En el micobioma de semillas de la accesión resistente k-1958, se encontró una mayor ocurrencia de micromicetos saprófitos, y muchos de los micromicetos eran agentes de biocontrol. Se concluyó que las diferencias en el metaboloma de semillas contribuyeron a la determinación de las diferencias en los micobiomas.