Las ovejas y las cabras son dos especies de ganado importantes con características de carne distintas. En este estudio, examinamos cómo los metabolitos en diez regiones del intestino influyen en la expresión génica y la calidad de la carne en el músculo longissimus dorsi de las cabras Meigu y las ovejas negras de Liangshan. Encontramos que la carne de cabra contenía niveles más altos de aminoácidos esenciales y ciertos ácidos grasos poliinsaturados n-6, lo que puede contribuir a su densidad nutricional y desarrollo de sabor. En contraste, la carne de oveja mostró niveles más altos de ácidos grasos n-3, que son conocidos por sus propiedades promotoras de la salud. El análisis transcriptómico reveló diferencias en la expresión génica muscular entre las dos especies, con varios genes (por ejemplo, , ) asociados con el transporte de aminoácidos y el metabolismo de lípidos. Nuestros hallazgos proporcionan información sobre los mecanismos específicos de cada especie que moldean la calidad de la carne y sugieren oportunidades para optimizar la producción de carne a través de estrategias de alimentación o cría dirigidas adaptadas a cada especie.