Personalizar estrategias dietéticas para un microbioma intestinal saludable es fundamental para el bienestar animal. El metaboloma intestinal desempeña un papel crucial en la mediación de las interacciones entre la dieta, el microbioma y la salud. El conocimiento del metaboloma intestinal de los animales de compañía es un tema emergente, con muchos estudios que identifican cambios impulsados por la dieta. Sin embargo, la investigación carece de un análisis integrado del microbioma, tiene una comprensión incompleta de los marcadores y se basa en exceso en datos humanos. Esta revisión resume el metaboloma intestinal canino y felino y explora los desafíos futuros.