La fresa es un cultivo comercial de alto valor y un modelo para la importante familia de las Rosáceas. La fresa es vulnerable a ataques de muchos patógenos que pueden afectar diferentes partes de la planta, incluyendo el brote, la raíz, las flores y las bayas. Para restringir el crecimiento de patógenos, la fresa produce un repertorio de metabolitos secundarios que tienen un papel importante en la defensa contra enfermedades. Los terpenos, las proteínas relacionadas con la patogénesis similares a alérgenos y los flavonoides son tres de los metabolitos más importantes involucrados en la defensa de la fresa. Los genes involucrados en la biosíntesis de metabolitos secundarios se inducen tras el ataque de patógenos en la fresa, lo que sugiere que su activación transcripcional conduce a una mayor acumulación de los compuestos finales. La producción de metabolitos secundarios también está influenciada por los microbios beneficiosos asociados con la planta y sus factores ambientales. Dada la importancia de las vías de metabolitos secundarios en la defensa de la fresa, proporcionamos una visión general completa de su literatura y su papel en las respuestas de defensa de la fresa. Nos enfocamos en terpenoides, alérgenos y flavonoides, y discutimos su participación en el microbioma de la fresa en el contexto de las respuestas de defensa. Discutimos cómo los genes biosintéticos de estos metabolitos podrían ser objetivos potenciales para la edición genética a través de técnicas CRISPR-Cas9 para la mejora del cultivo de fresa.