El análisis metabolómico de los cambios en los metabolitos plasmáticos en la obesidad junto con la interacción de la actividad física puede contribuir al diagnóstico y tratamiento de enfermedades. Buscamos realizar una evaluación integral del perfil de metabolitos plasmáticos de sujetos con un índice de masa corporal (IMC) delgado (n = 20, IMC = 22.3) o con sobrepeso/obesidad (n = 29, IMC = 29) y un índice bajo (n = 33, IPAQ = 842) o alto (n = 16, IPAQ = 6935) del cuestionario de actividad física (IPAQ), utilizando un enfoque metabolómico no dirigido. Se aplicó un análisis de varianza de dos vías a los datos obtenidos de los análisis de cromatografía líquida-espectrometría de masas, lo que resultó en 64 metabolitos, principalmente responsables de la varianza de los datos entre los diferentes grupos. Finalmente, un enfoque de red compleja revela los metabolitos más relevantes. La mayoría de los metabolitos relevantes son especies oxidadas de fosfolípidos. Se encontró que la mayoría de las especies de fosfatidilcolina y una especie de fosfatidilglicerol estaban disminuidas en sujetos obesos, mientras que la mayoría de las especies de fosfatidiletanolamina, fosfatidilserina y fosfatidilinositol estaban aumentadas. Solo una única especie de cada uno de prostaglandina, fosfatidilglicerol y fosfatidilinositol fue modulada por el IPAQ, pero se encontraron efectos de interacción entre el IMC y el IPAQ para la mayoría de los metabolitos en la combinación de IMC obeso con bajo IPAQ.