El gran croaker amarillo (LYC) es muy valorado por su delicioso sabor y su sabor único. La microbiota intestinal tiene la capacidad de afectar el rendimiento y la elasticidad muscular del huésped al regular el metabolismo de nutrientes. El propósito de este estudio es establecer la relación entre la calidad muscular y la flora intestinal para proporcionar una referencia para la mejora de la elasticidad muscular del LYC. En este estudio, se recolectaron los contenidos intestinales de machos de alta elasticidad muscular (IEHM), hembras (IEHF) y machos de baja elasticidad muscular (IELM) y hembras (IELF) y se sometieron a análisis metagenómicos y metabolómicos. Los resultados de la secuenciación metagenómica mostraron que las estructuras de la flora intestinal de los LYC con diferentes elasticidades musculares eran significativamente diferentes. La abundancia de Streptophyta en los grupos IELM (24.63%) y IELF (29.68%) fue significativamente mayor que en los grupos IEHM y IEHF. La abundancia de (66.66%) en el grupo IEHF fue la más alta. Basado en el análisis metabolómico por cromatografía líquida-espectrometría de masas, se identificaron 107 metabolitos diferencialmente abundantes entre los grupos IEHM y IELM, y 100 metabolitos diferencialmente abundantes entre los grupos IEHF y IELF. Con base en estos metabolitos, se identificaron una gran cantidad de vías metabólicas enriquecidas relacionadas con la elasticidad muscular. Se identificaron diferencias significativas en el metabolismo intestinal entre grupos con diferentes elasticidades musculares. Además, se construyó el modelo de la relación entre la flora intestinal y los metabolitos, y se reveló más a fondo el mecanismo molecular de la regulación de la microbiota intestinal del metabolismo de nutrientes. Los resultados ayudan a comprender el mecanismo molecular de las diferentes elasticidades musculares del LYC y proporcionan una referencia importante para el estudio del mecanismo de los efectos de las bacterias simbióticas intestinales del LYC en el desarrollo muscular, así como para el desarrollo y aplicación de probióticos en el LYC.