(Thunb.) Vahl, una planta medicinal farmacopéica, es valorada por su eficacia terapéutica en la detoxificación que elimina el calor, dispersa el viento-calor y promueve la circulación sanguínea para resolver la estasis. Los flavonoides, metabolitos secundarios ubicuos en , están críticamente relacionados con actividades farmacológicas y exhiben diversas funciones biológicas. Para elucidar la divergencia quimiotípica y los impulsores ecológicos de sus compuestos bioactivos, realizamos un perfil metabolómico de flavonoides en diez poblaciones silvestres utilizando UPLC-MS/MS. Los resultados revelaron una variación inter-poblacional significativa en los veintinueve metabolitos de flavonoides analizados. Notablemente, Cinchonain Ic se enriqueció significativamente en la población JX, Flavanomarein en la población LT y Desmetilxantohumol en la población HX. El análisis de asociación con variables ambientales indicó además que Sulfuretin, Apigenin-5-O-glucoside y Flavanomarein estaban positivamente correlacionados con múltiples variables relacionadas con la precipitación (bio12-Precipitación Anual, bio14-Precipitación del Mes Más Seco, bio17-Precipitación del Mes Más Seco y bio19-Precipitación del Trimestre Más Frío), mientras que Vicenin 2 estaba negativamente correlacionado con bio12, bio17 y bio19. Homoplantaginin mostró una correlación positiva con bio4 (Estacionalidad de la Temperatura) y bio7 (Rango de Temperatura Anual). Loureirin B estuvo positivamente correlacionado con la elevación pero negativamente correlacionado con variables de alta temperatura (bio5-Temperatura Máxima del Mes Más Cálido, bio8-Temperatura Media del Trimestre Más Húmedo y bio10-Temperatura Media del Trimestre Más Cálido). 5-Demetoxynobiletin se asoció positivamente tanto con la precipitación (bio12, bio17, bio19) como con variables de temperatura (bio1-Temperatura Media Anual, bio6-Temperatura Mínima del Mes Más Frío, bio9-Temperatura Media del Trimestre Más Seco y bio11-Temperatura Media del Trimestre Más Frío). Cinchonain Ic estuvo positivamente correlacionado con bio2 (Rango de Temperatura Media Mensual), y Oroxin A estuvo negativamente correlacionado con la elevación. Estos hallazgos demostraron que la acumulación de flavonoides en fue predominantemente influenciada por la heterogeneidad de temperatura, siendo la precipitación un factor secundario, mientras que la latitud y la elevación juegan solo roles limitados. Este estudio investiga sistemáticamente la divergencia y los impulsores ambientales de los flavonoides en poblaciones, aclara la base ecológica molecular de su adaptación a la heterogeneidad ambiental y proporciona valiosos conocimientos para aprovechar los factores ecológicos para mejorar el potencial medicinal, apoyando en última instancia la cría dirigida y estrategias de gestión de campo optimizadas.