Las orquídeas producen semillas diminutas y ligeras (semillas similares al polvo sin endospermo) que dependen de hongos simbióticos específicos para una germinación exitosa. Las raíces de las plantas a menudo liberan pequeñas moléculas de señalización o compuestos bioactivos para atraer hongos micorrízicos arbusculares (AM), promoviendo el crecimiento fúngico y la ramificación de hifas. Sin embargo, hasta ahora, no se han identificado tales moléculas bioactivas o de señalización en orquídeas que ayuden a reclutar hongos para la germinación de semillas. En este estudio, utilizamos metabolómica y UPLC-Q-TOF-MS/MS, combinadas con un enfoque de red molecular, para explorar posibles moléculas bioactivas/señalizadoras en las semillas de la orquídea aclorofílica Bl. Nuestro análisis reveló la presencia de aminoácidos, nucleótidos, lípidos, ácidos orgánicos, sacaridos, fosfolípidos y lignanamidas. Específicamente, se demostró que los ácidos orgánicos, los sacaridos y las lignanamidas promovían el crecimiento de un hongo importante para la germinación de semillas. Además, las lignanamidas inhibieron el patógeno de la planta y exhibieron fuertes actividades antioxidantes y antiinflamatorias. Esta es la primera identificación sistemática de moléculas bioactivas/señalizadoras en las semillas de Bl., proporcionando nuevas perspectivas sobre la relación simbiótica entre orquídeas y hongos.