Los cambios en las comunidades fúngicas del suelo causados por el uso del suelo no han sido suficientemente estudiados en los Andosoles de América del Sur, que se consideran áreas clave para la producción de alimentos. Dado que las comunidades fúngicas juegan un papel importante en la funcionalidad del suelo, este estudio analizó 26 muestras de suelo de Andosoles recolectadas de lugares dedicados a la conservación, la agricultura y las actividades mineras en Antioquia, Colombia, para establecer diferencias entre las comunidades fúngicas como indicadores de la pérdida de biodiversidad del suelo utilizando metabarcoding Illumina MiSeq en la región ITS2 del ribosoma nuclear. Un escalado multidimensional no métrico permitió explorar los factores impulsores de los cambios en las comunidades fúngicas, mientras que la significancia de estas variaciones fue evaluada por PERMANOVA. Además, se cuantificó el tamaño del efecto del uso del suelo sobre los taxones relevantes. Nuestros resultados sugieren una buena cobertura de la diversidad fúngica con la detección de 353,312 secuencias ITS2 de alta calidad. Encontramos fuertes correlaciones de los índices de Shannon y Fisher con las disimilitudes en las comunidades fúngicas (r = 0.94). Estas correlaciones permiten agrupar las muestras de suelo según el uso del suelo. Las variaciones en la temperatura, la humedad del aire y el contenido de materia orgánica conducen a cambios en las abundancias de órdenes relevantes (Wallemiales y Trichosporonales). El estudio destaca sensibilidades específicas de las características de biodiversidad fúngica en los Andosoles tropicales, que pueden servir como base para evaluaciones robustas de la calidad del suelo en la región.