La relación especie-área es importante para entender los patrones de diversidad de especies a escalas espaciales, pero pocos estudios han examinado la relación utilizando técnicas de ADN ambiental (eDNA). Investigamos la diversidad de anfibios en 21 islas del archipiélago de Zhoushan y áreas cercanas del continente en China utilizando la combinación de metabarcoding de eDNA y el método tradicional de transecto lineal (TLTM) e identificamos la relación especie-área para anfibios en las islas. La probabilidad media de detección de eDNA es 0.54, mientras que la probabilidad media de detección de TLTM es 0.24. El metabarcoding de eDNA detectó ocho especies de anfibios en las islas y nueve especies en las áreas continentales, en comparación con siete especies en las islas y nueve especies en las áreas continentales que fueron identificadas por TLTM. La riqueza de anfibios en las islas aumentó con el área de la isla y la diversidad del hábitat. La relación especie-área para anfibios en el archipiélago se formuló como la función de potencia (S = 0.47A) o función exponencial (S = 2.59 + 2.41 (logA)). Nuestros resultados sugieren que el metabarcoding de eDNA es más sensible para la detección de especies de anfibios. El uso combinado de metabarcoding de eDNA y el método tradicional de transecto lineal puede optimizar los resultados de la encuesta para anfibios.