El estrés por sequía, intensificado por el cambio climático, representa una amenaza significativa para la seguridad global del arroz. Para identificar loci de rasgos cuantitativos (QTL) estables asociados con la tolerancia a la sequía en el arroz bajo diferentes antecedentes genéticos y condiciones ambientales, este estudio combinó 901 QTLs tolerantes a la sequía reportados en 52 estudios independientes publicados entre 2000 y 2023, que fueron posteriormente meta-analizados y condensados en 77 meta-QTLs (MQTLs). Entre ellos, 23 MQTLs fueron validados en siete estudios de asociación del genoma completo (GWAS) independientes sobre la tolerancia a la sequía en arroz, cada uno realizado utilizando diferentes poblaciones naturales. Los intervalos de confianza (CIs) de los MQTLs se redujeron sustancialmente, con un factor de reducción que varió de 2.44 a 20.40 en relación con los QTLs originales. Para explorar más a fondo los genes clave para la tolerancia a la sequía, examinamos los genes ubicados dentro de las regiones de MQTL y expresados diferencialmente en nuestros datos de RNA-seq, obteniendo 3851 genes expresados diferencialmente (DEGs) que responden a la sequía. Estos DEGs fueron sometidos a un proceso de refinamiento que incluyó agrupamiento Mfuzz, análisis de elementos reguladores cis (CRE), análisis de redes de interacción proteína-proteína (PPI) y modelado estructural basado en AlphaFold de sus proteínas codificadas. Este filtrado por etapas identificó once proteínas centrales que responden a la sequía, nueve con funciones anotadas y dos sin caracterizar funcionalmente. Tras una priorización adicional, se establecieron como genes candidatos centrales (CGs) para desentrañar la base genética y bioquímica de la tolerancia a la sequía en el arroz.