Tras un ataque patógeno, las plantas se defienden utilizando múltiples mecanismos de defensa para prevenir infecciones. Utilizamos un meta-análisis y un análisis de biología de sistemas para buscar respuestas generales de defensa molecular en plantas a partir de datos transcriptómicos reportados de diferentes ataques patógenos. Los datos de siete estudios fueron sometidos a meta-análisis, que reveló un total de 3694 genes expresados diferencialmente (DEGs), donde se consideraron tanto plantas sanas como infectadas. El análisis de enriquecimiento de la Ontología de Genes y de las rutas de la Enciclopedia de Genes y Genomas de Kyoto sugirió además que los DEGs estaban involucrados en varias rutas metabólicas biosintéticas, incluidas las responsables de la biosíntesis de metabolitos secundarios y las rutas centrales para la fotosíntesis y las interacciones planta-patógeno. Utilizando análisis de redes, destacamos la importancia de WRKY40, WRKY46 y STZ, y sugerimos que sirven como puntos principales en las interacciones proteína-proteína. Esto es especialmente cierto en lo que respecta a las redes de respuestas metabólicas compuestas por patógenos. En resumen, esta investigación proporciona un nuevo enfoque que ilumina cómo se pueden activar diferentes mecanismos de respuestas del transcriptoma en plantas bajo infección por patógenos e indica que los genes comunes varían en su capacidad para regular las respuestas de las plantas a los patógenos estudiados aquí.