Para mejorar la cría de ovejas y la conservación de los recursos genéticos, se realizó un meta-análisis de la región de control del ADN mitocondrial (mtDNA CR) de 399 secuencias de razas de ovejas indígenas africanas a partir de artículos de investigación previamente publicados, con el fin de elucidar su relación filogenética, diversidad e historia demográfica. Se encontraron un total de 272 haplotipos, de los cuales 207 eran únicos y se observó un alto nivel de variabilidad en la región de control del mtDNA. En general, el número de sitios polimórficos, la diversidad de nucleótidos y la diversidad de haplotipos fueron altos (284, 0.254 +/- 0.012 y 0.993 +/- 0.002, respectivamente). La red de haplotipos de unión mediana (MJ) produjo tres haplogrupos principales (A, B y C), siendo el haplogrupo B el dominante. Una mezcla de poblaciones sugiere un origen matrilineal común y la falta de y/o una débil estructura filogeográfica. El análisis de desajuste mostró una expansión reciente de las razas del norte de África, mientras que las poblaciones de África oriental y continental exhibieron presiones de selección para la adaptación. También se observó una ligera diferencia genética histórica entre las razas de ovejas de cola gorda y de cola delgada. Sin embargo, se requieren más investigaciones utilizando más muestras y segmentos de secuencia largos para alcanzar niveles más profundos de conclusiones sobre la relación filogenética de las ovejas africanas. Los resultados del presente meta-análisis contribuyen a la comprensión general de las poblaciones de ovejas nativas africanas para una mejor gestión de los recursos genéticos ovinos.