El monitoreo y control de bioprocesos dependen de la medición de las concentraciones de los principales metabolitos. Para ello, la espectroscopia infrarroja (IR) es un buen candidato para realizar mediciones rápidas y no destructivas. Sin embargo, las mediciones basadas en IR dependen de un paso de calibración que vincula los espectros medidos con las concentraciones de los compuestos de interés. Esta calibración puede sufrir problemas de robustez cuando cambian las condiciones de medición, como cuando se añaden algunos químicos que no están presentes en los espectros de calibración al utilizar el sensor IR. En este estudio, se probó un método basado en proyección ortogonal, proyección ortogonal dinámica (DOP), por su capacidad para enfrentar el problema de robustez causado por la adición de amoníaco en un digestor anaeróbico a escala piloto, cuyas concentraciones de ácidos grasos volátiles fueron monitoreadas mediante espectrometría de medio IR. Los resultados demuestran que DOP tiene un potencial significativo como una forma de tecnología analítica de procesos.