El injerto herbáceo es un método de propagación ampliamente utilizado en cultivos de solanáceas y cucurbitáceas para mejorar sus rendimientos agronómicos especialmente en condiciones de estrés (a)biótico. Además de estos beneficios mediados por el injerto, los avances recientes sobre la interacción microbiana en la interfaz suelo-raíz indicaron mayores potencialidades del injerto para actuar como acondicionador del entorno del suelo al modular las comunidades microbianas en la rizosfera. Al seleccionar un patrón adecuado, el injerto puede modificar la forma en que el sistema radicular interactúa con el entorno del suelo regulando las funciones ecológicas de la planta capaces de moderar las poblaciones de patógenos del suelo y disminuir el riesgo de enfermedades. La resistencia genética a patógenos del suelo, el reclutamiento mediado por la raíz de antagonistas microbianos y la exudación de moléculas antifúngicas en la rizosfera son algunos mecanismos de defensa que las plantas injertadas pueden mejorar, haciendo que el cultivo sea menos propenso al uso de fungicidas sintéticos y, por lo tanto, más sostenible. En la revisión actual, se presentan y discuten nuevas perspectivas ofrecidas por la literatura disponible sobre los posibles beneficios del injerto, en la mejora de la resistencia a enfermedades del suelo a través de la modulación de comunidades microbianas supresoras autóctonas.