Las modificaciones de histonas son mecanismos epigenéticos, denominados en relación con la genética, y se refieren a la inducción de cambios heredables sin alterar la secuencia de ADN. Se sabe que las secuencias de ADN modulan con precisión los fenotipos de las plantas para adaptarlas al entorno cambiante; sin embargo, los mecanismos epigenéticos también contribuyen en gran medida al crecimiento y desarrollo de las plantas al alterar el estado de la cromatina. Un número creciente de estudios recientes ha elucidado las regulaciones epigenéticas para mejorar el crecimiento y la adaptación de las plantas, contribuyendo así al rendimiento final. En esta revisión, resumimos los avances recientes de los mecanismos regulatorios epigenéticos que subyacen a la eficiencia de floración de los cultivos, la calidad de los frutos y la adaptación a estímulos ambientales, especialmente al estrés abiótico, para asegurar la mejora de los cultivos. En particular, destacamos los principales descubrimientos en arroz y tomate, que son dos de los cultivos más consumidos a nivel mundial. También describimos y discutimos las aplicaciones de los enfoques epigenéticos en los programas de mejora de cultivos.