La microbiota intestinal humana se puede comparar con una huella dactilar debido a su singularidad, albergando billones de organismos vivos. Desde una perspectiva centrada en el deporte, la microbiota intestinal podría representar un sistema fisiológico que se relaciona con aspectos de salud así como con el rendimiento individualizado en los atletas. La fisiología de los atletas se ha adaptado a su estilo de vida excepcional a lo largo de los años, incluyendo la diversidad y taxonomía de la microbiota. La microbiota intestinal está influenciada por varios parámetros fisiológicos y requiere un enfoque altamente individual y complejo para desentrañar la relación entre el rendimiento y la comunidad microbiana. Este enfoque se ha adoptado en esta revisión, destacando las funciones que la comunidad microbiana desempeña en el deporte, nombrando objetivos centrados en el intestino y buscando tanto un atleta saludable como un desarrollo del rendimiento sostenible. Con este artículo, intentamos considerar si iniciar un análisis de microbiota es práctico y podría agregar valor en el deporte de élite, y qué posibilidades ofrece cuando se ve influenciado a través de una variedad de intervenciones. El objetivo es apoyar la creación de un atleta integral y sostenible y establecer una nueva metodología en el deporte de élite.