Los sistemas agroforestales con un alto potencial de secuestro de C son aquellos degradados por estrategias de manejo deficiente. Los estudios sobre cambios en el estado del C en el suelo en estos ecosistemas mayormente tienen en cuenta las reservas de C lábiles. Las fracciones estables e inestables de la materia orgánica del suelo (SOM) se ven afectadas por el manejo del suelo y los cambios en el uso de la tierra. Las reservas de C estables son esenciales para comprender los efectos del uso de la tierra en el almacenamiento de C en el suelo a largo plazo. La estabilidad de la SOM se ve en parte mejorada por la interacción de la SOM con minerales y su inclusión en agregados del suelo. Sustancias recalcitrantes (por ejemplo, lignina y quitina) también contribuyen a la fracción pasiva de la SOM. Los macroagregados mayormente reflejan la influencia de las raíces de las plantas y de la POM gruesa intra-agregado, mientras que los microagregados reflejan la influencia de la POM fina inter-agregado, la concentración de arcilla y la fracción de SOM humificado. A menudo, la POM es más sensible a los cambios en el manejo del suelo que la SOM total. La glomalina es una proteína recalcitrante compuesta por quitina producida por hongos micorrícicos para proteger las hifas. La glomalina tiene implicaciones en el secuestro de C en suelos agroforestales, pero se necesita más investigación antes de poder hacer alguna predicción. Un desafío es reducir las emisiones de CO de las raíces, e incrementar el C de raíces recalcitrantes.