En la agricultura orgánica, la irradiación con microondas se puede utilizar como una alternativa al tratamiento químico estándar de semillas. El aumento de temperatura durante este tratamiento puede afectar negativamente la germinación de semillas de baja calidad. El objetivo del estudio fue evaluar el efecto de las microondas en la germinación y la salud de las semillas de zinnia utilizando cuatro muestras de semillas que varían en calidad inicial. Las semillas se colocaron en un vaso con agua destilada e irradiadas a niveles de potencia de salida de 500, 650 y 750 W durante 30, 35, 40, 45 y 50 s. Los controles fueron semillas no tratadas, semillas tratadas con fungicida y semillas remojadas en agua durante 30, 35, 40, 45 y 50 s. Se realizaron pruebas de germinación y salud para los controles y las semillas tratadas con microondas. Las muestras analizadas diferían en calidad de semilla y respuesta a la irradiación con microondas. Se observó una mejora en la germinación de las semillas después del tratamiento con microondas en tres de las muestras probadas. Los hongos , y spp. prevalecieron en las semillas. El tratamiento con microondas, especialmente a niveles de potencia de salida de 650 y 750 W, generalmente afectó positivamente la salud de las semillas, aumentando significativamente el número de semillas libres de hongos, pero cuando la temperatura del agua durante el tratamiento superó los 60 gradosC se observó un deterioro significativo en los parámetros de germinación en todas las muestras probadas.