Las bacterias promotoras del crecimiento de las plantas (PGPB) tienen efectos beneficiosos en las plantas. Pueden promover el crecimiento y mejorar la defensa de las plantas contra el estrés abiótico y las enfermedades, y estos efectos están asociados con cambios en el perfil de metabolitos de la planta. El problema de investigación abordado en este estudio fue el impacto de la inoculación con PGPB en el perfil de metabolitos de L. bajo condiciones controladas y de campo. Las semillas, inoculadas con EB3 y RL18, se cultivaron en experimentos de laboratorio controlados y en un entorno de campo natural. La composición de metabolitos de los tejidos aéreos se analizó utilizando GC-MS y UHPLC-MS. La inoculación con PGPB promovió una reconfiguración en el metabolismo de la planta en ambos entornos. Bajo condiciones de laboratorio controladas, la inoculación contribuyó a un aumento en la producción de biomasa y al refuerzo de las respuestas inmunitarias al aumentar significativamente los niveles de ácidos grasos insaturados, azúcares, ácido cítrico, ácido acético, ácidos clorogénicos y quercetina. En condiciones de campo, las plantas inoculadas exhibieron un perfil fitoquímico distinto, con un aumento de glucosa, fructosa y compuestos fenólicos, especialmente ácido hidroxibenzoico, quercetina y apigenina, junto con una disminución de ácidos grasos insaturados, lo que sugiere niveles de estrés más altos. La respuesta metabólica cambió de la mejora del crecimiento a la resistencia al estrés en este último contexto. Como un patrón común tanto en condiciones de laboratorio como de campo, la bioprimación indujo un reprogramación metabólica hacia la expresión de apigenina, quercetina, formononetina, ácido cafeico y ácido cafeoilquínico, metabolitos que mejoran la tolerancia de la planta al estrés abiótico y biótico. Este estudio revela las intrincadas adaptaciones metabólicas bajo condiciones controladas y de campo, destacando el potencial de los PGPB para rediseñar el perfil de metabolitos de la planta. Los metabolitos relacionados con el estrés elevado pueden fortalecer los mecanismos de defensa de la planta, sentando las bases para el desarrollo de cultivos resistentes al estrés a través de inoculantes basados en PGPB, especialmente en la agricultura salina.