La salinización del suelo, un desafío global significativo, amenaza el desarrollo sostenible. Este estudio explora el potencial del riego con agua ionizada magnetizada y su aplicación para mitigar este problema. Se hipotetiza que el primer método mejora el lixiviado de sal del suelo, mientras que se espera que el segundo mejore la disponibilidad de nutrientes en el suelo, aumentando así la diversidad microbiana. Para abordar el impacto poco claro de estas intervenciones en la calidad del suelo y la productividad del algodón, este estudio emplea cuatro métodos experimentales diferentes: riego con agua ionizada magnetizada (M), aplicación de 45 kg ha (B), una combinación de 45 kg ha con riego de agua ionizada magnetizada (MB) y un tratamiento de control sin intervención (CK). Este estudio tiene como objetivo aclarar los efectos de estos tratamientos en la densidad aparente del suelo (BD), la capacidad de campo (FC), la salinidad y alcalinidad, el contenido de nutrientes, la actividad microbiana y el rendimiento y calidad del cultivo de algodón. Además, busca evaluar la eficacia de estos métodos para mejorar las condiciones del suelo salino mediante el desarrollo de un índice de calidad del suelo. Los resultados mostraron que el uso de agua ionizada magnetizada para riego y su aplicación, ya sea por separado o juntas, puede reducir efectivamente el pH del suelo y los niveles de sal, mejorar la diversidad y abundancia microbiana, y mejorar el rendimiento y la calidad del algodón. Notablemente, la aplicación disminuyó significativamente la BD y mejoró la FC y el contenido de nutrientes (< 0.05). Se encontró una correlación donde el contenido de nutrientes del suelo disminuyó a medida que aumentaron el pH y el contenido de sal. Además, se observó una fuerte correlación entre las principales bacterias y hongos del suelo con la BD, la FC y el contenido de sal. Comparativamente, M, B y MB aumentaron significativamente (< 0.01) el índice de calidad del suelo en 0.21, 0.52 y 0.69 unidades, respectivamente, y aumentaron (< 0.05) el rendimiento del algodón en un 5.7%, 14.8% y 20.1% en comparación con CK. Por lo tanto, esta investigación ofrece métodos ecológicos y eficientes para mejorar la capacidad de producción de algodón en suelos salinos.