Los avances en genotipado de alto rendimiento y tecnologías de secuenciación están permitiendo el desarrollo de una amplia gama de herramientas genómicas y recursos para una nueva revolución en la cría de plantas. Varios métodos de genotipado por secuenciación (GBS) incluyendo basados en captura, reducción de complejidad genómica y secuenciación de cDNA (GBS-t) están disponibles para su aplicación en el análisis de rasgos, mapeo de asociación y selección genómica (GS) en plantas cultivadas. Los objetivos de este estudio fueron identificar regiones genómicas que confieren resistencia a la antracnosis (AB) introgradas de la naturaleza a la domesticada, a través de una población recombinante convencional genotipada utilizando una variedad de métodos GBS. La evaluación de los métodos GBS reveló que los enfoques basados en captura son robustos y reproducibles, mientras que GBS-t es rápido y flexible. Se generó un mapa de ligamiento genético que consiste en 5886 loci polimórficos que abarcan 717.26 cM. Utilizando datos de fenotipado de campo de dos años, se identificó una única región genómica en LG4 con mapeo de loci de rasgos cuantitativos (QTL). Ambos métodos GBS reportados en este estudio son adecuados para aplicaciones en la cría de plantas asistida por genómica. Los marcadores vinculados para la resistencia a AB, identificados en el estudio actual, proporcionan un recurso importante para su implementación en programas de cría de garbanzos para la selección asistida por marcadores (MAS).