Los rendimientos superiores del arroz superhíbrido han contribuido demostrablemente a la seguridad alimentaria contemporánea. A pesar de esto, la medida en que los requisitos intensivos de fertilizantes nitrogenados de tales cultivos han impactado en la salud del suelo y las comunidades microbianas principalmente sigue siendo un territorio inexplorado, provocando preguntas sobre la sostenibilidad. Aquí, examinamos cómo cuatro tratamientos de manejo (cero fertilizante, CK; práctica agrícola, FP; alta eficiencia y alto rendimiento, HYHE; y manejo de súper alto rendimiento, SHY) influenciaron los rendimientos de grano, la biodiversidad del suelo y las comunidades subyacentes que respaldan la salud del suelo de una variedad elite de arroz superhíbrido (Y-liangyou 900). Mostramos que los tratamientos SHY aumentaron los rendimientos, alteraron las propiedades fisicoquímicas del suelo, fomentaron una mayor biodiversidad y abundancia de bacterias y hongos del suelo, mientras que los tratamientos FP, HYHE y SHY transformaron las comunidades de bacterias y hongos. Los reguladores ambientales de las comunidades bacterianas y fúngicas difirieron ampliamente, siendo las comunidades bacterianas las más estrechamente asociadas con el carbono orgánico del suelo (COS) y NH-N, y las comunidades fúngicas más relacionadas con el fósforo disponible. Mostramos que la diversidad alfa de bacterias y hongos y la composición de la comunidad de hongos estaban positivamente correlacionadas con el rendimiento, pero la composición de la comunidad bacteriana estaba negativamente correlacionada con el rendimiento. Nuestro trabajo ejemplifica claramente el nexo entre un manejo agrícola y paisajístico adecuado para permitir la salud del suelo y impulsar rendimientos consistentemente altos, ambos necesarios para la seguridad alimentaria sostenible.