Incrementando la capacidad predictiva al modelar interacciones entre ambientes, genotipo y datos de imagen de cobertura de dosel para soja
Autores: Jarquin, Diego; Howard, Reka; Xavier, Alencar; Das Choudhury, Sruti
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2018
Acceso abierto
Artículo científico
2018
Incrementando la capacidad predictiva al modelar interacciones entre ambientes, genotipo y datos de imagen de cobertura de dosel para soja
Categoría
Ciencias Agrícolas y Biológicas
Subcategoría
Agronomía y Ciencia de los Cultivos
Palabras clave
Fenómica
Mejora de plantas
Datos genómicos
Cobertura del dosel
Modelos de predicción
Soja
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 27
Citaciones: Sin citaciones
La fenómica es un área nueva que ofrece numerosas oportunidades para su aplicabilidad en la cría de plantas. Una posibilidad es aprovechar este tipo de información obtenida en las primeras etapas de la temporada de crecimiento combinándola con datos genómicos. Esto abre un camino que puede ser capitalizado al mejorar la capacidad predictiva de los modelos de predicción comunes utilizados para la predicción genómica. Los datos de imaginería (cobertura del dosel) registrados entre los días 14-71 utilizando dos métodos de recolección (información terrestre en 2013 y 2014; información aérea en 2014 y 2015) en una población de mapeo de asociación anidada de soja (SoyNAM) se utilizaron para calibrar los modelos de predicción junto con la inclusión de varios tipos de interacciones entre los datos de cobertura del dosel, los ambientes y los datos genómicos. Se consideraron tres escenarios diferentes que los criadores podrían enfrentar al probar líneas en campos: (i) ensayos de campo incompletos (CV2); (ii) líneas recién desarrolladas (CV1); y (iii) predicción de líneas en ambientes no observados (CV0). Se evaluaron dos rasgos diferentes en este estudio: rendimiento y días a la madurez (DTM). Los resultados mostraron mejoras en la capacidad predictiva para el rendimiento con respecto a aquellos modelos que incluían únicamente datos genómicos. Estas mejoras relativas oscilaron entre 27-123%, 27-148% y 65-165% para CV2, CV1 y CV0, respectivamente. No se observaron cambios importantes para DTM. Se observaron mejoras similares para ambos rasgos cuando se utilizó la información reducida del dosel para los días 14-33 para construir las relaciones de entrenamiento-prueba, mostrando una clara ventaja de usar la fenómica en las primeras etapas de la temporada de crecimiento.
Descripción
La fenómica es un área nueva que ofrece numerosas oportunidades para su aplicabilidad en la cría de plantas. Una posibilidad es aprovechar este tipo de información obtenida en las primeras etapas de la temporada de crecimiento combinándola con datos genómicos. Esto abre un camino que puede ser capitalizado al mejorar la capacidad predictiva de los modelos de predicción comunes utilizados para la predicción genómica. Los datos de imaginería (cobertura del dosel) registrados entre los días 14-71 utilizando dos métodos de recolección (información terrestre en 2013 y 2014; información aérea en 2014 y 2015) en una población de mapeo de asociación anidada de soja (SoyNAM) se utilizaron para calibrar los modelos de predicción junto con la inclusión de varios tipos de interacciones entre los datos de cobertura del dosel, los ambientes y los datos genómicos. Se consideraron tres escenarios diferentes que los criadores podrían enfrentar al probar líneas en campos: (i) ensayos de campo incompletos (CV2); (ii) líneas recién desarrolladas (CV1); y (iii) predicción de líneas en ambientes no observados (CV0). Se evaluaron dos rasgos diferentes en este estudio: rendimiento y días a la madurez (DTM). Los resultados mostraron mejoras en la capacidad predictiva para el rendimiento con respecto a aquellos modelos que incluían únicamente datos genómicos. Estas mejoras relativas oscilaron entre 27-123%, 27-148% y 65-165% para CV2, CV1 y CV0, respectivamente. No se observaron cambios importantes para DTM. Se observaron mejoras similares para ambos rasgos cuando se utilizó la información reducida del dosel para los días 14-33 para construir las relaciones de entrenamiento-prueba, mostrando una clara ventaja de usar la fenómica en las primeras etapas de la temporada de crecimiento.