Los humedales mediterráneos se encuentran entre las áreas naturales más amenazadas. Las necesidades y demandas de una población humana en aumento están modificando el uso del suelo y convirtiendo hábitats naturales en áreas artificiales. Para combatir estas tendencias, la planificación de la conservación efectiva necesita proporcionar una identificación clara y sistemática de las amenazas para encontrar estrategias de conservación sostenibles. En este estudio de caso, evaluamos las amenazas actuales en el Delta de Gediz (Turquía) utilizando un enfoque de múltiples métodos. Primero, realizamos una revisión exhaustiva de la literatura y entrevistas con partes interesadas para identificar las amenazas existentes. Luego, hicimos una encuesta completa del Delta a través de un trabajo de campo intensivo. Las amenazas fueron codificadas y clasificadas utilizando los estándares de conservación. Utilizamos la clasificación de amenazas y la encuesta de campo para mapear las áreas más vulnerables del Delta. Las amenazas más comúnmente observadas en el campo fueron la contaminación y las actividades agrícolas y de acuicultura. Según la clasificación de amenazas, las amenazas más importantes son el cambio climático y el desarrollo residencial y comercial. Los hábitats que están más en riesgo son los hábitats de praderas agrícolas. Los resultados indican la necesidad de extender las acciones de conservación en la parte interna del Delta. Además, el enfoque de clasificación de amenazas de múltiples métodos podría servir como un modelo para mejorar la planificación de la conservación en otros sitios del mundo.