La aplicación de la selección asistida por marcadores en los programas de mejoramiento del café acelera la identificación y concentración de alelos objetivo, siendo esencial para desarrollar cultivares resistentes a múltiples enfermedades. En este estudio, se desarrolló una población a partir de cruces artificiales entre el Híbrido Timor y el Tupi Amarelo, con el objetivo de promover la acumulación de genes de resistencia a las principales enfermedades y plagas: roya del café (CLR), enfermedad de la baya del café (CBD), cercospora y minador de hojas. La resistencia fue confirmada por nueve marcadores moleculares en loci asociados con CLR (genes) y con CBD (gen). La resistencia a CLR, cercospora y minador de hojas fue evaluada utilizando escalas diagramáticas fenotípicas. Modelos mixtos estimaron la superioridad de la población en 16 rasgos morfoagronómicos durante cuatro años agrícolas. La introgressión de alelos de resistencia a CLR y CBD fue identificada en el 98.6% de la población, con un 29% mostrando acumulación de cinco genes de resistencia. Estos genotipos acumuladores mostraron un 100% de resistencia al minador de hojas y un 90% a cercospora. Los rasgos fueron agrupados en modelos de repetibilidad univariantes, bivariantes y trivariantes, con 11 significativos. Estos resultados son indicativos de variabilidad genética que se puede explorar en el desarrollo de cultivares con múltiples resistencias y alto potencial agronómico.