En las condiciones climáticas cambiantes, ha sido importante mejorar la productividad del arroz para garantizar la seguridad alimentaria global. La sequía es uno de los principales factores limitantes en la producción de arroz. La sequía durante la etapa reproductiva resulta en una pérdida máxima o completa del rendimiento. Se han realizado esfuerzos para desarrollar líneas de arroz tolerantes a la sequía mediante la introducción de tres importantes QTLs de efecto de sequía, a saber, , y , de Apo en una variedad popular de arroz susceptible, Improved White Ponni (IWP). Se desarrollaron líneas endocruzadas de IWP x Apo a través del enfoque de mejoramiento genético asistido por marcadores de retrocruzamiento. El análisis del primer plano utilizando marcadores vinculados resultó en la identificación de 17 progenies que llevan dos o más QTLs, y las recuperaciones del genoma del progenitor recurrente de estas líneas fueron >95.6% utilizando 72 marcadores SSR en todo el genoma distribuidos en todos los cromosomas. Tras la evaluación fenotípica de 17 IWP BILs, la condición limitada de agua resultó en la identificación de líneas mejoradas registrando el rendimiento y los parámetros relacionados con el rendimiento. El rendimiento prometedor de IWP BILs en términos de fertilidad de espiguillas (63.3%) y rendimiento de grano por planta (>10 g) bajo estrés por sequía indicó los efectos positivos de los , mientras que IWP registró una pérdida completa del rendimiento (94.2%). De las variedades consideradas, las líneas de mejor rendimiento que realmente exhibieron tolerancia a la sequía, con un rendimiento más alto que el progenitor recurrente en condiciones limitadas de agua, y los efectos de estos QTLs y sus interacciones fueron examinados en este trabajo de investigación.