La prevalencia del patrón de limón rugoso en la India está actualmente amenazada por la propagación de la pudrición de raíces. El desarrollo de un patrón de resistencia alternativo que también soporte otras limitaciones abióticas es una prioridad para una industria citrícola sostenible en la India. Los progenitores complementarios se pueden encontrar en el germoplasma de cítricos para combinar los rasgos deseados, especialmente entre y , un género estrechamente relacionado. La producción de híbridos que acumulan los rasgos dominantes deseados, independientemente del nivel de heterocigosidad de los progenitores, es una forma efectiva de desarrollar nuevos patrones candidatos. El limón rugoso fue hibridado con Swingle citrumelo, citrandarín X-639 y GouTou Cheng. Se desarrolló un método confiable para una mayor recuperación de plántulas híbridas de estos cruces en función de la morfología y los marcadores de repetición de secuencia simple (SSR). La mayor proporción de plántulas híbridas resultó del rescate de embriones a los 95 días después de la polinización (DAP) (48,5% en limón rugoso x citrandarín X-639 y 56,7% en limón rugoso x Swingle citrumelo) en función de las hojas multifoliadas. La proporción de plántulas híbridas disminuyó con el aumento en la etapa de desarrollo del embrión después de 95 DAP hasta la última etapa de observación (125 DAP). Una proporción significativamente mayor de plántulas multifoliadas se recuperó mediante cultivo in vitro en comparación con la germinación in vivo de las semillas maduras (26,9% vs. 5,2%, respectivamente). Swingle y citrandarín X-639 no son homocigotos para el alelo multifoliado de , y GouTou Cheng carece del alelo multifoliado; por lo tanto, se seleccionaron híbridos unifoliados de todos los cruces en función de los genotipos de marcadores SSR.