La detección precisa de patógenos en el semen bovino es vital para la vigilancia de la salud animal y el comercio internacional, pero se complica por los inhibidores de PCR presentes en el plasma seminal y los extensores de semen. Este estudio comparó dos plataformas de extracción utilizando muestras de semen extendido negativo a volúmenes de entrada estándar (200 uL) y reducidos con diferentes enfoques de pretratamiento. Se utilizaron dos ensayos de PCR del virus de la influenza A (IAV), cada uno con controles internos exógenos únicos, para evaluar la inhibición de PCR. Una evaluación adicional con semen naturalmente infectado con el virus de la diarrea viral bovina y el herpesvirus bovino-1, junto con muestras spiked de IAV, demuestra que la composición del semen influye fuertemente en el rendimiento de extracción y destaca la importancia de protocolos de extracción optimizados para reducir la inhibición y permitir una detección confiable de patógenos en las pruebas de germoplasma bovino.