La reorganización por eliminación mediada por repeticiones (RMD) es una fuente importante de inestabilidad genómica y puede ser perjudicial para el organismo, ya que la secuencia interviniente entre dos repeticiones se elimina junto con una de las repeticiones. La reorganización RMD probablemente es inducida por rupturas de doble cadena de ADN (DSBs); sin embargo, no está claro cómo la complejidad de las DSBs influye en la reorganización RMD. Aquí, se utilizó una cepa transgénica K12 MG1655 con una activación de amp controlada por repeticiones, aprovechando la irradiación de partículas, como la irradiación de protones y carbono, para generar diferentes complejidades de DSBs. Nuestra investigación confirmó la mejora de RMD bajo irradiación de protones y carbono y reveló una correlación positiva entre la mejora de RMD y LET. Además, la mejora de RMD podría ser suprimida por una secuencia homóloga intermolecular, que fue regulada por su composición y longitud. Mientras tanto, la mejora de RMD fue significativamente estimulada por recombinasa -Red exógena. Resultados adicionales que investigan sus mecanismos mostraron que la mejora de RMD, inducida por la irradiación de partículas, ocurrió de manera -dependiente. Nuestro hallazgo tiene un impacto significativo en la comprensión de la reorganización RMD y proporciona algunas pistas para elucidar el proceso de reparación y los posibles resultados de daños complejos en el ADN.